Mostrada escasamente en Evangelion: 2.0 You Can (Not) Advance, la Unidad 06 es mayormente azul oscuro y gris, con pequeñas partes naranjas. Su casco es parecido al de la unidad 01, con el mismo cuerno prolongado hacia arriba, y laterales idénticos, pero con un visor rojo en vez de ojos. Esta unidad sigue un diseño producido por SEELE, y a consecuencia de ello parece tener la capacidad de levitar y actuar sin cordón umbilical (aunque se desconoce por cuánto tiempo); se cree que la aureola que es visible sobre su cuerno sea la que genera la energía, aunque se desconoce cómo. Tampoco se explica qué métodos de construcción son los utilizados; no obstante, el aspecto interno del EVA es radicalmente diferente, ya que en unas secuencias de la película se ve que es muy parecido a Lilith, con piel blanca (aunque con un revestimiento negro), máscara púrpura y constitución más humanoide que el resto de los EVAs.
La narración cuenta que la Unidad y su piloto vinieron de la Luna, pues fue construida en la Base de Tabgha. Kaworu Nagisa es el piloto.
- Esta unidad tiene el nombre oficial de Mark 06, aunque no se especifica qué significa.
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