Shinji Ikari (碇シンジ Ikari Shinji)
Es el personaje principal de la serie. Es el Tercer Niño y piloto de la unidad Evangelion 01. Es el hijo de Gendo y Yui Ikari.
Shinji fue abandonado por su padre Gendô Ikari cuando era muy pequeño, debido a la muerte de su madre. Una llamada telefónica de su padre lo hace llegar a la ciudad de Tokio-3, después de 10 años sin verse. Allí conoce a Misato Katsuragi, y momentos después llega la decepción cuando se entera que su padre sólo lo ha llamado para pilotar un EVA. Misato le animó a pilotar el EVA-01, y después de la batalla contra el Ángel Sachiel lo tomó a su cargo y lo llevó a vivir a su departamento con Pen Pen.
El alma de su madre, que está dentro de su unidad Evangelion 01 (por un accidente probando el EVA), le da fuerzas para luchar. Al inicio de la serie, el verdadero motivo por el que decide pilotar el EVA-01 es sólo porque le han indicado que lo haga. Shinji tiene tan poca fe en sí mismo que termina haciendo todo lo que le pidan, por ejemplo, en secundaria aprendió a tocar el Chelo -y era bastante bueno- sólo por que un profesor le indicó que lo hiciera.
A pesar de su introversión, consiguió crear vínculos inseparables con sus compañeros de clase Tōji Suzuhara y Kensuke Aida. En su aspecto físico Shinji tiene el pelo negro y ojos gris oscuro; según Rei Ayanami, es muy parecido a su padre.
La pérdida de su madre y el abandono de su padre hacen que Shinji muestre poca o ninguna autoestima, reclusión personal y tendencia a huir de las situaciones difíciles o dolorosas (esto es a menudo representado por Shinji escuchando sus auriculares). También es descrito como socialmente torpe, introvertido y tímido. Tiene una personalidad radicalmente distinta a la de Asuka, pero los dos tienen en común que intentan escapar de los que les rodean.
Si bien se reconoce avanzada la serie que es un gran piloto de EVA, no parece mostrar antes que eso más habilidades, además de cierto talento para cocinar. Se reveló en el capítulo 15 que tocaba el violoncelo, algo de lo que no se menciona nunca en la serie. Al respecto, el cello es motivo recurrente en la serie, pues es posiblemente la única muestra de identidad de Shinji. De hecho, su talento musical parece ser la única forma del joven Ikari de expresarse abiertamente. Afirma no tener talento para eso, pero cuando aparece tocándolo interpreta una pieza de Bach considerada muy exigente.
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