Rei Ayanami (綾波 レイ Ayanami Rei)
Es la primera elegida para pilotar la unidad Evangelion 00.
Los orígenes de Rei se deducen gracias a diversas pistas brindadas por los hilos argumentales de la serie, y sus relaciones con otros personajes, los que posteriormente son aclarados con la entrega de The End of Evangelion; en el The Red Cross Book, un libro puesto a disposicion de los compradores de esta ultima entrega de la serie (previa la salida de Rebirth of Evangelion).
Lo primero que se puede conocer es que Rei es el Ángel primogénito de Lilith, del cual proceden todos los demás. En su faceta espiritual, Rei es el espíritu del primer Ángel y el primer ser viviente existente en el Universo, pero sin memoria, alojado en un cuerpo humano a modo de recipiente. Y en su faceta biológica, Rei es una reproducción artificial de Yui Ikari, lo cual la convierte en algo similar a una hermana de Shinji y una hija de Gendo Ikari o el reemplazo de su esposa, así como una forma de vida muy similar a Kaworu.
El cuerpo de Rei fue realmente creado a partir de los restos del cuerpo de Yui que quedaron dentro del Entry Plug del EVA-01, en el experimento de contacto. Una gran cantidad de copias de este cuerpo fueron preparadas en el Dogma Terminal para el funcionamiento de los EVAs y los sistemas operativos de los simuladores. Rei es el unico clon de este cuerpo que pudo contener un alma.
En el transcurso de la historia cuando una Rei muere puede ser reemplazada por otra sin conocimiento alguno de su antigua vida pero con noción de lo que paso. La Rei que aparece en The End of Evangelion es la tercera. La primera fue asesinada por la Dra. Naoko Akagi en un ataque de nervios y de celos, la segunda fue eliminada en su combate contra el Ángel Armisael al salvar a Shinji en batalla sacrificando la unidad 00. Aunque cada una de las personalidades de estas tres Rei son diferentes debido a las circunstancias que la rodean, su alma es única.
Se deduce que Gendo Ikari crió a Rei desde que nació en un cuarto oculto debajo de dogma central parecida a su habitación, pues en la serie se la contempla de muy pequeña junto a él, aparentemente como en una adopción temporal, lo cual lleva a otros personajes a percibir su evidente similitud. De hecho, entre los recuerdos que Shinji encuentra el de su madre en el interior del EVA-01 solo escuchando una conversación sin personaje alguno, mas que la imagen de un vagón al atardecer, en el que escucha que Gendo asegura que si su hijo es un niño, lo llamará Shinji, y que si es una niña, la llamará Rei.
Sin embargo, el motivo de la existencia de Rei es revelado en el largometraje The End of Evangelion: Rei, siendo un Ángel, existe para fundirse finalmente con el cuerpo de Lilith y provocar el Tercer Impacto de forma controlada por Gendo. Ello daría a Rei un absoluto control sobre la vida y permitiría que Gendo volviera a ver a Yui, ocupando el campo de Shinji. Pero todo sale mal pues al escuchar la voz de Shinji deja a Gendo y va con Shinji en su "ayuda"
Al inicio de la serie, Rei es presentada como una joven enigmática de carácter introvertido, silencioso y nada comunicativo, que a pesar de confiar en las personas adultas, sólo manifiesta emociones y lealtad sincera hacia Gendo Ikari, aún en una relación distante.
Shinji no tarda en interesarse por ella a pesar de lo difícil que resulta conocerla hace lo posible por conocerla, y ella parece poseer un ambiguo lazo con él debido a que él la sustituyó eficazmente para pilotar el EVA-01 debido a su incapacidad física en el principio de la serie.
Rei vive en una calle desolada de Tokio-3 en un solitario apartamento sin apenas amueblar que Shinji visitará para entregarle una identificación lo cual servirá para ir relacionándose con ella muy lentamente, lo cual muestra que Rei lleva una vida monótona y aislada que la ha convertido en lo que es. Este apartamento resulta ser una representación de la celda subterránea en la que Rei nació y se crió por Gendo, según Ritsuko.
Rei tiende a atraer el rechazo e incluso el desprecio de Asuka Langley debido a su personalidad extremadamente sumisa, pasiva y obediente desde el instante en que la piloto del EVA-02 le ofrezca amigablemente su amistad y ella responda que la aceptará cuando le sea ordenado por los adultos. De hecho, Rei es en muchos aspectos diametralmente opuesta a Asuka. Asuka es extrovertida y pasional, mientras que Rei es introvertida y fría; a Asuka le gusta comer carne, mientras que Rei es vegetariana; Asuka se enorgullece de sus logros y su existencia individual, mientras que Rei se limita completamente a acatar y, según su propia afirmación, no dudaría en matarse si Gendo Ikari se lo dictara. La posesión material más preciada de Rei son las gafas rotas de Gendo Ikari, que recogió del suelo cuando a éste se le cayeron al suelo para liberarla de la cápsula eyectada del EVA-00.Lo cual en rebuid of evangelion es casi lo mismo pero después de luchar contra el Angel Ramiel y de que shinji la rescata su posesión más preciada se convirtió en el reproductor de shinji lo cual se puede ver en una escena de rebuid of evangelion 2.0.
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